Der Vorstand besteht aus dem Vorsitzenden sowie aus dem ersten und dem zweiten stellvertretenden Vorsitzenden.

Der Vorsitzende führt die laufenden Geschäfte, beruft Plenarversammlungen ein, leitet diese und führt deren Beschlüsse aus. Im Einvernehmen mit seinen Stellvertretern vertritt er den Fakultätentag nach außen und sorgt für die Information aller Stellen, mit denen der Fakultätentag zusammenarbeitet.

Der erste stellvertretende Vorsitzende ist der Vorsitzende der Ständigen Kommission. Der zweite stellvertretende Vorsitzende ist für die erste Hälfte der Amtszeit der Vorsitzende der vergangenen Amtsperiode. Für die zweite Hälfte der Amtsperiode übernimmt dieses Amt der für die kommende Amtsperiode neu gewählte Vorsitzende.